Millennium w części administracyjnej - "szarej" stale dostosowywane jest do zmieniających się wymogów stawianych przed Samodzielnymi Publicznymi Zakładami Opieki Zdrowotnej, zarówno w zakresie ewidencji danych, jak i sprawozdawczości. Wspiera kadrę menedżerską w zakresie podejmowania decyzji w ochronie zdrowia. Ułatwia opracowanie wskaźników przydatnych w procesie negocjowania kontraktów z Narodowym Funduszem Zdrowia.
Zarządzanie Czasem wspiera szpital w obszarach:
W programie Płace istnieje możliwość stworzenia list płac osobno dla stawki godzinowej i osobno dla pracowników mających wynagrodzenie miesięczne. Listy płac mogą być również tworzone w dowolnych terminach wynagrodzenia pracowników proporcjonalnie w stosunku do przepracowanych godzin.
Program Finanse-Księgowość umożliwia definiowanie sposobu przeksięgowywania kosztów bezpośrednich na pośrednie z użyciem rozdzielników kosztów, a także rozdział kosztów według rozdzielników, ułatwiając kalkulację kosztów leczenia.
Kartoteka kontrahentów pozwala użytkownikowi na prowadzenie dowolnej ilości kontrahentów i pracowników. Kartoteka ta jest zintegrowana z pozostałymi obszarami tj. Środki Trwałe, Gospodarka Magazynowa, Kadry, Płace.
System Millennium pozwala na automatyczne przeksięgowywanie wprowadzonych zapisów na różne konta. Użytkownik ma możliwość dowolnego zdefiniowania typów dokumentów, a elastyczny sposób ich numeracji jest dostosowany do potrzeb Klienta. W programie możliwe jest wystawianie przelewów na podstawie nierozliczonych rozrachunków oraz tworzenie dekretów na podstawie już utworzonych.